Escuela de Genómica Clínica Avanzada 2024

Realización de casos de diagnóstico genómico, paso a paso, desde la solicitud por parte del profesional hasta la entrega del informe final. Se focalizará en los conceptos utilizados en cada toma de decisión, posibles alternativas y dificultades.

Repaso de los criterios de la ACMG para la clasificación de variantes y proposición de un modelo de inclusión de hallazgos incidentales, de acuerdo a los criterios de ACMG, en el contexto de los usos y costumbres de la práctica clínica local.

Determinación de genoma completo por NGS (WGS), comparación con exoma y paneles. Estudio de variantes en regiones no codificantes. Determinación de CNVs. Métodos para WGS y WES. Anotación de CNVs. Clasificación de CNVs de acuerdo a la ACMG. Implementación de WGS en la clínica, tipos de patologías donde representa una ventaja. comparación con CGHarray.

Genoma tumoral y su evolución. Clasificación molecular de los tumores de acuerdo a su paisaje mutacional. Signatures de SNVs. Determinación de deficiencias en el sistema de recombinación homóloga (HRD). Desbalance de alelos telomérico, pérdida de heterocigosidad. ACMG para variantes somáticas en tumores. Desarrollos asociados a ADN circulante de tumor. ACMG para riesgo de cáncer.

Que es la farmacogenómica (Pgx). Mecanismo de acción en Pgx. Farmacodinámica y farmacocinética. Efectos tóxicos, de dosis y asociaciones de riesgo. Variantes con relevancia Pgx. Los Cytocromos p450 (CYP), nomenclatura y tipos de alelos, clasificación fenotípica. Bases de datos Pgx, pharmgKB. Implementación de Pgx en la clínica. Recomendaciones del CPIC (Clinical Pgx Implementation Consortium). Integración con EMR.

Evaluación de Riesgo: Relaciones genotipo fenotipo no mendelianas. Estudios de Asociación Genómica (GWAS) y sus bases estadístico matemáticas. Significancia y efecto. Enfermedades poligénicas (Cardiovasculares, Neurodegenerativas, Metabólicas, Diabetes, Cáncer). PheWAS. Modelos de implementación en la clínica. Scores de riesgo poligénicos. Genómica poblacional.

Modelos avanzados de clasificación y predicción del efecto de variantes. Análisis experimental de variantes. Estudios de variantes por mutagénesis masiva. Modelos evolutivos, estructurales, y estadísticos. MAVEdb. Modelos de predicción gen-phen. Incorporación de elementos de inteligencia artificial y aprendizaje automático.

El objetivo del taller es ahondar y fijar los conceptos de la Escuela de Genómica Clínica mediante la práctica intensiva. El mismo consta de tres clases prácticas en las cuales se presentarán casos reales de trabajo en la práctica clínica, incluyendo análisis previo, diseño experimental, determinación y anotación de variantes, análisis y redacción del informe.

Aplicación de los conceptos discutidos en la clase teórica aplicados a la genómica del cáncer.

Aplicación de los conceptos discutidos en la clase teórica, enmarcados dentro de los standards para el análisis de CNVs.

Aplicación de los conceptos discutidos en la clase teórica mediante la utilización de PharmGKB.

Aplicación de los conceptos discutidos en la clase teórica mediante el estudio de GWAS Catalog.